Aguirre - Guds vrede handler om conquistadoren Gonzalo Pizarro, som på 1560-tallet leder en gruppe utforskere og gulljegere inn i den peruanske regnskogen, på jakt etter El Dorado.
Det er to ting verdt å trekke frem ved denne filmen: filmmusikken og Klaus Kinski. Filmmusikken er det Popol Vuh som står bak, som også har laget musikken til flere av Herzogs filmer. Musikken er like mystisk og like ugjennomtrengelig som filmen (og regnskogen). Klaus Kinski spiller Aguirre med galskap i øynene og et sardonisk smil. Kinski er kjent fra en rekke andre av Herzogs filmer, og deres beryktede forhold til hverandre er viden kjent. Blant annet er det blitt hevdet at Herzog løftet en pistol mot Kinski for å få ham til å spille, mens Kinski på sin side hevder at det var ham selv som holdt pistolen.
Filmen er verken dialog- eller karakterdreven bortsett fra Aguirres motiver. Tematikken omhandler i hovedsak menn drevne av en visjon (eller misjon) så sterk at de er villige til å ofre alt for å oppnå dette, men ender med å bli knust under forsøket.